なんとなくわかる。

アクセスがあるたびにapacheを起動するのはたいへんだから
apacheはずっと動いているでしょ。

だからffmpegも起動するのがたいへんだと思っちゃったんじゃないかな?

実際には常駐して、複数のタスクを行なう構造のapacheと
起動後、一つのタスクを行なって終了するffmpegを
同列に考えるのが最初の間違いってことになる。

仮にffmpegのロード時間をケチるとして
常駐型のエンコーダーを開発するとしたら、コストは大きいなぁ。
apacheモジュールにしても、問題は大差無いかな。

やるべきことは、ffmpegのソースをよく調べて
その用途に必要なコードを切り捨てて
最小の時間でロードできるようなバイナリーを作ることじゃない?

エンコーダーライブラリも静的リンクしたほうが速いのかな?