バグ報告しましょう。
http://roundup.ffmpeg.org/roundup/ffmpeg/

>動画アップロードサイトみたいなのに
FFmpegはFacebookとかのサイトのサーバーサイド変換で実際に使われてる。
YoutubeもFFmpegっぽいって話がある。
ニコ動はどうだったかな。