拡張子問わず一括で色設定したい場合(文字色:白、背景色:黒など)は
filetypes.commonを変更するのが簡単。

※自分の環境 ubuntu8.04 geany0.18

1.usr/local/share/geany/filetypes.common を
　~/.config/geany/filedefs/ にコピー

2.コピーしたfiletypes.commonの下の方に拡張子別のファイルに記述されている
　継承元の色設定が書いてあるのでそれを変更

　文字色:白 背景色:黒にする場合は
　defalut=0x000000;0xffffff;false;false # 文字色:黒 背景色:白 太字:x 斜体:x
　↓
　default=0xffffff;0x000000;false;false # 文字色:白 背景色:黒 太字:x 斜体:x
　でok

3.current_lineの色設定とかも同じファイル内にあるので好みに合わせて変更

4.あとは拡張子別ファイルで細かく設定

と図に乗って書いてみた。