鍋田辞書という辞書ソフトがモンゴル語IME(兼ロシア語)を内蔵している。
Windows版よりバージョンが低いが。
http://www.nabeta.tk
あと、鍋田ロシア語(兼モンゴル語)ローマ字入力テキストエディタnabetaeditru
っていうのもある。Linux版もあるよ。
バージョンアップ止まっているからWindows版鍋田辞書のIMEのほうが使いやすいが。
http://www.gengo.tk/nabetaeditru/