このスレにど真中のストライクかと思うのですが
なぜか話に出てこないm17n Libraryをご紹介。

http://www.m17n.org/m17n-lib-ja2/
(javascriptで動いているページもあるようです。)

入力系は、SuSEやMandrake、Debianなど(他は知らない)で
パッケージが用意されているようですのですぐに使えると思います。
SCIMかuimから日本語を含め複数言語を切替えながら入力できます。
(フォントを入れて出鱈目にキーを打つとそれらしい文字が出ると
いうところまでしかわたしには分かりません。)

表示系は、わたしは試したことがありませんが、いくつか実験中だったり
しているようです。mozillaと組み合わせたりも出来ているようです。
(将来はpangoと組むとかなんとか聞いたような聞かないような。。。)