特化したモノがあるなら院も良いだろうけど、学部からの方が無難…
工学の院の学生の大半は理系の学部から来てるから、そのまま院に行くと
上下とか良し悪し関係なく周囲の学生と貴方の常識(学問分野における)が
食い違うと思う。
それはそれでお互いに良い刺激にもなるハズだけど、それだけにしんどいと思うよ。