ヤフー知恵袋で自由席グリーン車のグリーン料金と指定席料金についての回答がありました。
ttp://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1090020070

特急のグリーン車に乗ると指定席料金分を割引くとかいつ頃から始まったのだっけか