臨時列車には一般的に50番台が当てられていたが、定期列車で50を超えるものが出てきたために80番台に移された。
その中で90番台というのは、単に80番台があふれて90番台に割り込んだものや、
何らかの理由で80番台と区別する意味で90番台を付けたものがある。
例えば、北近畿の場合、臨時急行は80番台（昔は50番台）、臨時快速は90番台（60番台）と区別していた。
ただ、こういう区別は地域的なもので、国鉄時代から全国一律ではなく、その地域の独自性によっていたようだ。
ＪＲになってそれは顕著になり、「臨時列車は80番台」というのは、あくまで“原則として”という程度で、
その地域の状況でいろいろ使い分けられている。
その使い分けは、時刻表などをよく見ていたりすれば、そこそこの知識があれば何となく推察できると思う。
件の「南紀」も、通常の80番台から一時的な時刻変更などで、あえて現場に周知徹底を図るために変えたと思われる。
ただし、それが何で70番台で90番台ではないのかは、それこそ当事者でないと分からない。
まあ長年のその地域の、会社の傾向を見てれば、何となく見えてくるかもしれないが。