>>90だけど原因がわかりました。
結論から言うとPR-500KIの仕様でLANポート1に100Mbpsしか出ない機器(ひかりTVのチューナー繋げてた)を繋げると他のポートも下り100Mbpsに制限かかるらしい
100Mbpsの制限の影響受けるのがLANポート2〜4らしいのでPCとかで使うLANはLANポート1に繋げてハブとかで分配、ひかりTVはLANポート4(1以外ならいいらしい)に繋げたら制限なくなりました。
これがv6プラス適用した時だけ起きるのがよくわからないけど･･･