NTT東西のコラボモデルとwith フレッツは明確に別の契約形態なので詳しくはちゃんと調べてきて欲しいんだけど。
むしろ色々URL出してこれるのに、なんでそこだけ認識がおかしいのか疑問なんだが。

端的には
コラボ→ NTTから卸して貰ったファイバーのサービスのサポートも含めてISPがワンストップでサービスする事業。
故障があってもISPを経由しないとNTTは動か（け）ない。

with フレッツ→ コラボ以前の契約形態で支払いだけISPがまとめるもの。光回線自体の面倒はNTT東西がみる。回線の故障などは直接NTTに問い合わせる。

ちょっと調べたら判ることだと思ってたんだけど、最近の人は知らないのかな。
なにか有ったときのサポートの足の遅さもコラボが嫌われる一因だったんだけどな。