これは正確に書いてくれてる
http://news.golfdigest.co.jp/news/gdoeye/jgto/article/66137/1/?car=top_nw_t03

> マスターズの出場資格に世界ランクが導入された1999年大会以降、日本の賞金王は2013年まで、毎年出場してきた。これは出場資格に「前年の日本の賞金ランキング１位」があるためではなく、日本の賞金王が世界ランク50位以内という条件をクリアしてきたからだ。

仰る通りで、1999年マスターズでは既に1988年の日本ツアー賞金王招待（それまであった二位も含む）の慣例は削除されてた
二年前の孔明の時に散々話題とされたのは、実はJGTOがちゃんと把握していなかったからかもしれない

で、これも毎年話題となる特別招待だが
出場者が90人に満たなくなるようなときの特例措置と思っておけばいいのかな