すみません、私の思い込みでした。ドアを手に入れないとお話になりませんでした。
包丁はドアを手に入れたあとコレクションルームに行って、
コレクションルームに出現した扉から入ったところにいた窓付きを倒して外に出て、
外にいた窓付きと会話したら手に入りました。ソフトもたしか窓付きを倒した跡に手に入れた気がします。

笛は中央管制塔のボス撃破したら手に入ると書いていましたが、手に入らず、窓付きと会話してエンディングでした。
あれは二週目でとれるとか、そんな感じですか？