>どこの旅行会社もJR券単独については販売委託で客から手数料は取らないと思うけど

近所の日本旅行(イオンモール内)はJR券単独の発券に540円取る
なので、日本旅行ギフトカードは選択肢から外した

一方JR駅構内の旅行代理店は無料の所が多い
立地上、みどりの窓口と競合するからだろう