シン・エヴァンゲリオンの副題(サブタイトル)である「Thrice Upon A Time」は、SF小説「未来からのホットライン」の原題(オリジナル)。
この小説のラストは主人公のマードックがヒロインのアンと再会し、初めて二人が出会った時と全く同じ状況になり喫茶店に再び一緒に行った事を匂わせて終わる。
マードックはアメリカで仕事をしていたが故郷に里帰りしてアンに再会し喫茶店へ一緒に行くが、シンジも故郷に里帰りしてマリに再会し一緒に喫茶店へと行く。

シンジ達がその後に喫茶店に行ったと庵野が説明したのは間違いなくこの元ネタの小説の結末を意識しての事だろう。別に庵野の私小説になっているわけではなく
一部の人達が主張してるような喫茶店でアスカが待っていて恋のキューピット役のマリがアスカの元へとシンジを連れて行こうとしているわけでもない。
元ネタ的に物語の最後に主人公に走り寄られ再会してその後に一緒に喫茶店に行く女がその物語のヒロイン。どう考えてもマリがシンジの恋人や妻になる女だろう。
シンジがマードック役でマリがアン役(アンが何度も躓いた子猫のマックスウェル役もマリは兼ねてる)という事は終盤の砂浜でマリの元へシンジが走る描写で確定だ。

アンはスコットランド出身のイギリス人。子猫の名前であるマックスウェルもスコットランド出身のイギリス人。マリの姓であるイラストリアスもイギリスの空母。
シンジと結ばれるヒロイン論争については完全にマリで答えが出てる。この古い小説を読めば嫌でもマリが新劇のメインヒロインだと分かるから一度読んでみるといい。

ちなみにアンの本名はアン・パタースン。庵野はシン・ジゴラにも大統領を目指すアメリカ上院議員の娘で日系3世のカヨコ・アン・パタースンとして登場させていて
彼女のカヨコという名前は庵野の嫁のモヨコの漫画ハッピーマニアの主人公(ヒロイン)である重田加代子が元ネタ。
シン・ゴジラの他のアメリカ人達の名前も未来からのホットラインの登場人物達の名前であり、アメリカ大統領であるロスも未来からのホットラインの主人公の姓だ。