https://i.imgur.com/Bx8bL81.jpg

コンテにもはっきり父親と書いてあるからゲンドウに父親がいるのは確実
ただし母親がいないアダム（おそらく父なる神はいるはず）のカヲルとゲンドウが似ていて
シンジとも似ているとなると母親がおらず母の愛情は受けていないというのはありえるかも