新劇4部作って、ノベルゲームみたいに細かい選択肢（分岐）があってそれをシンジがすべて正しい選択肢を選んだから、ループしない真エンドにたどり着いったってことだと思うんだよね。
実際にはエヴァはゲームではなく、一本道のアニメだから、選択の要素なんてないんだけど、ゲーム的な選択肢自体は本編の至るところに存在してると思う。
破のラストのミサトの「行きなさい」とリツコの「やめなさい」。シンのトウジの「村に残れ」とケンスケの「親父に会え」。Qの槍を抜くor抜かないもそうかもしれない。
上記の選択で正しい方を選んだから真エンドにたどり着いたという個人的認識。
問題は上記の選択肢はすべてマリの出現以降に発生してる。すなわちマリが出現しようと、その後の選択肢を間違えるとループが発生し、真エンドに到達できないということ。
あくまでもマリは25と26のループを突破するために必要な存在ではあるが、出現したからとそれだけで必ず真エンドに到達できるわけではない。
マリは出現したが、シンジがその後の選択を誤ってループしてしまった世界にこそマリの秘密は隠されていると思う。