以下、素直にフラットに考察してみます。
特撮考察を自ら破壊してみたいので。

□前提条件
・エヴァ世界にはマイナス宇宙が存在する。
・マイナス宇宙にあるゴルゴタオブジェクトは全ての可能性を実現できるチートアイテム。
・ヴィレの槍は人の願いを託された槍。

□シンエヴァDパートラスト
・アスカを人間として世界へ送還した。
・カヲル、レイも使徒としての役割を終え、人間としてエヴァのない世界に送り出した。
・ユイがシンジの代わりに依代になる為にシンジを初号機から射出する。
・消えかけるシンジ※儀式進行により初号機が消えかけている為。
・マリ「ギリギリセーフ！」。
・尚、マイナス宇宙に生身で生存可能かは不明な為、射出時にはシンジはエントリープラグ内にいるものと仮定している。
・故にネオジェネ後にシンジ生存しているのは消えかけの初号機エントリープラグ内にいる可能性がある。※砂浜はプラグ内のLCLが造ったイメージ