ストシーンも、実際の映画のラストシーンも、それまでの軽快なタッチとは異なり、墓場という風景に対し『陰鬱で、嫌悪と恐怖を抱かせる存在として』描いており、そこから逃避するという点では一貫している。このラストについては、日活に対する川島の怒りが撮り逃げという形で表れたとする説、「サヨナラだけが人生だ」という言葉を残した川島の人生哲学が反映したとする説、あるいは故郷の恐山に対する嫌悪と畏怖など諸説がある。なお、この幻ラストの方は、後に様々な映画人によって、意識的、無意識的に踏襲されている。今村は自身のドキュメンタリー映画『人間蒸発』でラストシーンの部屋がセットだという事を観客に明かし、映画とドキュメントと現実社会の境界の曖昧さを問い掛けた。川島と同郷である寺山修司は、恐山を舞台にした『田園に死す』のラストで、東北の旧家のセットが崩壊すると、その後ろから1970年代の新宿駅東口交差点が現われるという演出をしている。また、崩壊したセットの周囲を現代人となった映画の登場人物たちが往来するなどにも川島の影響をうかがわせる。

また、アニメーター・映画監督の庵野秀明が『新世紀エヴァンゲリオン』制作中に「『幕末太陽傳』をやりたかった」と各媒体でたびたび語っている。なお、テレビ版最終回で実写のスチル映像が紛れ込んだり、「もう一つの可能性」と称してまったく雰囲気の異なる学園ラブコメになりその最後がアフレコ台本で終わるのも、『幕末太陽傳』のラスト、そして川島の積極的逃避哲学から庵野が影響を受けた結果であるという。