マークで言えば、
ヴィレのマークにも意味があり、秘密が隠されていると思うよ

クセモノの加持が今回は死んでいない可能性があり
序→破の限られた上映時間の中で日本海洋生態系保存研究機構にかなりの時間を割いている

日本海洋生態系保存研究機構施設を上から見るとセフィロトの樹、生命の樹そのもの
下部のマルクト(王国)に当たるセフィラから生えた根より赤い海水を吸い上げ、青い生命の住める海水に戻す
その目的はアリだが
加持達には食糧難などがあったほど人類に余力のない時代に、こんな巨大な設備が作られてる事も不思議な話

赤い海水になった理由は、旧劇でシンジを神にする為にアダムとリリスの助力で
巨大な綾波が形作られ、全人類はATフィールドを自我境界を失い、肉体は弾けて血はLCLになり溶けた
シンジは完全で単体の完璧な存在、神になるよりも
みんなのいる他人が存在する世界でのやり直しを選択し、巨大綾波はその役目を終え
首からは血が噴き出て月面の静かの海まで赤く染め、地球の海を赤く変えて身体が崩壊した
新劇が旧劇のやり直した世界だと分かる証拠でもある

人類のコアとLCLの混ざり合った物が海を赤く染めたのだが
それを除去するという日本海洋生態系保存研究機構のプラントプールは
逆に言えばコアとLCLを凝縮して得られる設備でもある

序でのmark6、NERV第七支部月面基地タブハベースでの巨人はミイラのように痩せこけて点滴を受けている
→破では体液、血液が満たされたかのように張りが出ているのもお分かりだと思う
この点滴に使われたのが
日本海洋生態系保存研究機構施設で凝縮された回収されたコアとLCLの溶液だと考えると辻褄があう

ヴィレのマークには、日本の酒船石遺跡やセフィロトの樹、生命の樹に似た形状、模様がある
日本海洋生態系保存研究機構にシンジ、アスカ、レイを誘ったのは加持
マリが加持の部下である事を考えれば、
殺菌処理に見せかけてマリ以外の3人のEVAパイロットの検査、データ採りを行った可能性がある
TVシリーズと旧劇までの段階で
シンクロ率のモニターテストをする際にも同様の殺菌処理をしていたのも記憶にある人も多いのではないでしょうか

またヴンダーのオッサン、高雄コウジがミサトより前に加持との知り合いだったのも発言から分かる
人工進化研究所(ゲヒルン)がNERVの前身であったように
日本海洋生態系保存研究機構はヴィレの元になった組織、加持が所属していた組織の可能性があるんです

『よっ。イイカゲンで有名だった俺が…今じゃ俺もここの所長なんだってさ（笑）』
『葛城が希望の方舟の艦長、俺がヴィレの所長。随分出世したもんだ。人が減って猫の手も借りたいって事かな。』とか言って
シンで登場するかもしれません

旧劇と違って主要キャラが死なない、ポカ波も死なない、
全員揃ってハッピーエンドの為にも取れますね