『 シンジが初号機に取り込まれてたけどなんとか復活して
  目覚めたらなんか綾波が別人になってて
  ミサトさんが怖くなって
  カヲルくんにすがるけどじつは使徒で
  ドグマで初号機と弐号機が闘ってカヲルくんの首が飛んでシンジが絶望する話 』

ほら
最初から最後までQを解説してあげたよ
TV版の20〜24話と何も変わらない話だという事が分かったかい?
物語の「意味」は、それまでのご都合主義のしっぺ返しと槍でやり直すみたいなリセット脳の否定
物語の「意図」は、シンジのデストルドーを育てるパートにすること