ttp://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_tk3_000020.html
＞[1] 　このガイドラインは、賃料が市場家賃程度の民間賃貸住宅を想定しています。
＞[2] 　このガイドラインは、賃貸借契約締結時において参考にしていただくものです。
＞[3] 　現在、既に賃貸借契約を締結されている方は、一応、現在の契約書が有効なものと
考えられますので、契約内容に沿った取扱いが原則ですが、契約書の条文があいまいな場合
や、契約締結時に何らかの問題があるような場合は、このガイドラインを参考にしながら
話し合いをして下さい。

なので、ガイドラインが絶対のものではない。あくまでこれを元に戦う、くらいに考えておいたほうがいい。