馬ははるか昔から人間と触れ合って生きてきたんです。今でもそうですが、中には食用や衣類に使用する目的で殺された馬もたくさん居ることでしょう。
それでも、馬は人の傍で生きてきました。搾取されて絶滅するよりも、多少の犠牲を払ってでも共存することを望んだのではないかと思います。
他種族と比べると極めて温厚な性格で、攻撃・反撃の手段をほとんど持ち合わせていない馬という種族は、文明を築き上げた、いわば自らを搾取する「敵種族」に寄り添う形でしか生きられなかった。そう考えれば、馬が人の命令をきくのも道理にかないます。
弱いからこそ、発達した知能を使って生きなければならなかったのではないでしょうか。