＞出張伺いを出したのに旅費の公共交通機関の金額が違う　／　ということでバス会社ヘ本人に連絡させる事務なんて聞いたこともない
前半は事務屋が記載金額が実費と違うと指摘しているように読み取れます。
後半は主語が曖昧で解読できません。

＞オマケに数百円の超過分を返金してもらうだと?
前後の文脈から事務屋が間違えているように思われますが、
あなたの申告額が過大で数百円の返金手続きを面倒がっているようにも見えますね。

だからダメなんですよ。