＞手続きして振り替えたところで意味がない

意味はある　でしょ
代替の休憩時間は確保できる余地はあったのに。「勝手に取らなかった（放棄した）」」という事実は確定するわけですからね。

この部分は、教委ならびに学校管理職サイドには相当重要なことですけどね
労務管理者なら、いの一番に明確にすべき部分でしょう