揃わなかった原因は
テキストフレームを使いつつ、回り込みを入れて中途半端なサイズで揃えようとしていたことかな？

ベースライングリッドを使わずに揃えるなら、
ちゃんと文字サイズ、行送り、回り込みからのスペースから計算したフレームのサイズを出さないとダメ

まぁ、レイアウトグリッド（フレームグリッドではない）を１度正確に設計すれば
あとは、揃えるときにレイアウトグリッドに吸着するから合わせやすくて良いんだけどね

>>669
にもある、環境設定＞グリッド
その中にあるグリッドの間隔を弄ると良いかと