【環境省】動物の愛護及び管理に関する施策総合的に推進するための基本的な指針
https://www.env.go.jp/nature/dobutsu/aigo/2_data/laws/guideline_h25.pdf

2ページ目（合意形成）より

> 外来生物の駆除、動物の個体数の調整、安楽殺処分等については、これらの行為が正当な理由をもって適切に行われるものである限り、
> 動物の愛護及び管理に関する法律（昭和48年法律第105号。以下「動物愛護管理法」という）やその精神に抵触するものではない 。

そして猫は立派な外来生物（移入種）である。

【環境省資料】移入種（外来種）リスト（哺乳類)
http://www.env.go.jp/nature/report/h14-01/mat01b.pdf

「ネコ」がちゃんとリストに載っている。

そして司法も駆除が合法である事を前提とした判決を出している。

例の大矢誠事件の判決文
http://www.courts.go.jp/app/files/hanrei_jp/409/087409_hanrei.pdf

> 駆除行為とはいえないような虐待を当初から行っている上，被告人自身も公判廷で認めるように，犯行を繰り返すうちに，
> 虐待行為自体に楽しみ覚えるとともに，その様子を撮影した動画をインターネット上で公開することが目的化したというのであって，
> 本件各犯行を正当化する余地はない。

司法の判断は「大矢被告がやった事は駆除ではなく虐待」であり、これは駆除自体は合法である事を前提にした判決である。
駆除が違法であるなら「それが駆除であるかどうかに関わらず違法」と言う筈である。

判決文からも、　駆　除　自　体　は　合　法　と解釈するしかない。