薬だけを飲ませることって難しい？
うちの子も好きなものに薬混ぜてたけど、同じように拒否するようになって
そりゃ薬の味したら好きなものも嫌になるよなぁ…って、薬は薬であげるようにした

薬だけを口の奥にサッと入れてしばらく口を閉じさせる
何度もペッって出したりもしたけど、とにかく口を閉じさせる状況をキープ
すると何とかごっくんしてくれるようになったよ
その後にご褒美に好きなもの（うちはレバー団子や砂肝等）をあげてた
コツとしてはとにかく気配を悟られる前に何気ない感じですばやくすること
噛んだら苦い薬も丸のみなら苦味も感じないだろうし

さんざんあれこれ試して苦労しての今の方法だったのなら
見当はずれもいいとこの意見なので、ごめんなさい