フレックスタイム制だから残業代はでない」という誤った運用をしている脳無しな会社も残念ながら存在するよう。
しかし、前述したように清算期間における所定労働時間の上限を超えたり、深夜や休日に勤務をした場合は割増賃金の対象になります。

自分に残業代が支払われていないと思った場合、まずは雇用契約書を確認してみてください。
フレックスタイム制とみなし残業代はセットで導入されていることも多いですので、みなし残業代で吸収されている可能性があります。