顕著な例としては、にんにくの強力な殺菌作用が善玉菌である腸内細菌も殺してしまうことがあります。
生のにんにくを大量に食べたり、長期間持続的に食べると起きる可能性があり、
適量（生であれば1片／1日、加熱したものであれば2〜3片／1日）であれば基本的には問題ありません。
http://garlicnow.com/benefits/sterilization/

にんにくって腸内細菌を殺すのかよ

がんにはにんにくっていいと思っていたが・・・