18世紀とか19世紀になると、世間的に普及しすぎて元が新陰流とか神道流だとかがわかんなくなってたのかもしれない。
いずれそういう説があるという話ではあるが、剣道史研究の大家である森田栄先生は円明流伝書（兵道鏡）は武蔵の真筆だとしている。
世間的には武蔵の真筆という説の方が通っていると思う。