剣が主か、体が主か、という論争は無意味だと思うがね。

ある技の理合いを表現することに剣を使うか体を使うかの違いに過ぎない。

>>466 が言っているように人間の身体は１つ。
ならばその動きによって表現される動きの根本原理も１つだ。
後は何を使ってそれを表現するかの違いだ。

「合気道は剣の理」というのは剣を使うことで技の理合いが分かりやすいということ。
体を否定しているとは思えない。