＞停泊灯から分岐

停泊灯のスイッチとは別にデッキライトのスイッチがあって
停泊灯が単独点灯できるなら船検は通るよ

＞３芯の結線
アース共用のその認識でOK。

＞同時点灯のパワー不足
たぶん問題ないけど、ブレーカ・ヒューズの容量は確認
3芯に交換するなら航海灯まわりは耐震・塩害耐性の面からも電線の太さは若干太めで
メッキ電線ならなお良し。あとあとの修理でも半田付けしやすい。