>>99
もうかなり前だけど工学部院卒ですので境遇はなんとなくわかります。
結論から言うと、あなたが現状実践している方法がベストな印象です。後押しでなくて申し訳ない。

iPadにペンは書き込み速度に限界があって、「速く正確に」残す目的には裏紙&ボールペンには敵わないです。
キーボード入力の方が目的に近いですが数式なんかはペンでないと記録できないんですよね。

資料や論文をまとめて持ち歩くのに使うのならかなり使えますよ。この目的なだけでもメリットかと思います。
あとはノートpdfに手書き書き込みできるとか、ですか。

でも重要な資料は結局紙打ち出しにして一面に広げて考えたりするからiPad活かせないんですよね、、、