フォルダ分けは、純正のファイルかドキュメントで可能。各アプリ間で編集完結するなら基本的にほぼ全てのアプリでアプリ内のフォルダ分けが可能。

てか複数アプリでPDF編集したいって言うけど、どんな編集するの？
例えば書き込みなんかだと、各アプリで仕様が違うから１つのアプリで書き込んだ内容は他アプリでは変更出来なかったりするけど