セルフレジと同じようなパネルを客側にもつけて
店員がバーコードを読み取ってる間に支払い方法の選択を客にさせれば
商品の読み取りが終わったら、店員側には電子マネーでの支払いだと表示され
客側にはリーダーで支払いをするようにランプをつければいい。

それだけでも余計なやり取りが減る。