そういった内規はなかったと思う。
でもたとえば攻撃で1を着けたQBとRBとWRがいたとして、その選手はそもそも同時には出られない。
この時点で選手起用の幅は狭まる。さらにRBとWRは線引きが曖昧。スロットバックはどっち？とかになる。

守備になるとDLとLB、LBとDBは別ポジションか線引きが曖昧なところがあるからね。
DBで登録していても、明らかにLBのプレーヤーと見られて「ひきょうな戦術」と判断されるのは本意ではないだろう。
その判断はどこでするのかといった詳しいことまでは知らないけど、
攻撃または守備のみで2人以上同じ背番号を着けるのは無駄にリスクを負う選択になるんじゃないかな。