脚本家が声優の演技や意見を聞いて敵側のキャラの立ち位置ころころ変えたのはインタビューで何度も言ってるから事実だね
監督は新撰組的な滅びの美学を描きたくて最後には全滅エンドにすると決めてたけど過程が強引で色んなキャラがその展開のためにアホ化（したように見えた）
脚本家の萌え駄目というよりは監督の力量不足が大きいんじゃないかと思うけどどうだろう