隠退蔵物資事件を契機にGHQ主導で設立された「隠匿退蔵物資事件捜査部」が前身。

独自の捜査権限を有している検察庁の中でも、大規模事件など、集中的に捜査を行う必要がある案件に取り組む機関として存在している。検事（副検事）のほかに検察事務官により構成されている。

政治家汚職、大型脱税、経済事件を独自に捜査する。一般的な刑事事件は警察による捜査が行われるが、この類の事件では最初から特捜部が捜査する場合が多い。ただし、大型脱税のうち暴力団による所得税法違反容疑の事案については、警察が捜査を開始する場合もある。また、独占禁止法違反については、公正取引委員会に専属告発権限がある。