一之御殿：八幡大神 （はちまんおおかみ） - 誉田別尊（応神天皇）とする。
二之御殿：比売大神 （ひめのおおかみ） - 宗像三女神（多岐津姫命・市杵島姫命・多紀理姫命）とする。
三之御殿：神功皇后 （じんぐうこうごう） - 別名として息長足姫命とも。

主神は、一之御殿に祀られている八幡大神の応神天皇であるが、ただ実際に宇佐神宮の本殿で主神の位置である中央に配置されているのは比売大神であり、なぜそうなっているのかは謎とされている。