神社は昔から在りますが、日本では神社信仰は鎌倉時代に荒廃し一度滅びました
伊勢神宮ですら、廃れてしまったのです
それを再興させたのは鎌倉幕府と鎌倉仏教です
それ以降、日本では寺社が神社を管理する様に成りました
神社と寺社が分かれたのは、明治の神仏分離令からです

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