『延喜式』には、両別宮ともに「大神の遙宮」と表記され、祭神名は表記されていない。神宮では、祭神を天照大御神の御魂（あまてらすおおみかみのみたま）とする。
さらに、瀧原宮はその和御魂（にぎみたま）、瀧原竝宮は荒御魂（あらみたま）が祀られるとされる。
『倭姫命記』では、瀧原宮の祀神を水戸神（みなとのかみ）別名速秋津日子神（はやあきつひこのかみ）、瀧原竝宮は妻神速秋津比賣神（はやあきつひめのかみ）とする。