江戸時代、比木神社は比木大明神(本尊大日如来)といい、境内には真言宗長照寺があり、神仏混淆であった。
延享4年(1747)の｢高鍋藩寺社帳」によれば、新納鎮守比木大明神、本地正観音。建立の年月不知。神領52石5斗、代宝持院。長照寺は真言宗、本尊薬師如来。建立の年月日開山不明。住持宝持院。天正年中住職法印乗盛。寺領15石とある。