神功皇后が御西征のとき、対馬の沖で暴風雨に遭い、それが鎮まるようにと海神である志賀三神を祭って祈りを捧げ、その供物と苫を一緒に海に投じて苫の漂着した所に社を建てて祀ることを誓ったといわれる。 そのときの苫が三枚、今の三苫の海岸に流れついたことから、その地を三苫と名付けられた。