次に即位したエリザベス１世（ヘンリーとアン・ポーリンの娘）は「首長令」を再制定させてローマ・カトリック教会との関係を断ち、「３９箇条」の信条を制定させた。ただし、エリザベス１世は「女王は英国教会の統治者である」と称し、「首長」とは称しなかった。しかし、これが亡命していた新教徒たちの不評を買った。彼らが清教徒（ピューリタン）である。ローマ教皇ピウス５世はエリザベスを破門し、「イギリス国民を女王に忠誠を尽くす義務から解放する」と宣言して、スペインのフェリペ２世にイギリス国王の資格を宣言させた。