目的の遺伝子を見つけ出すために増幅を繰り返していくと精度は下がる。増幅サイクル（Ct）値を増やしていけば医学的に意味のないほど微量の遺伝子が存在しても検出でき、また偽陽性も増える。​偽陽性を排除するためにはCt値を17まで下げる必要があるとする報告​もあるが、そうなると感染が拡大していると宣言はできない。