これは特定の遺伝子型を試験管の中で増幅する技術で、ウイルスそのものを探し出すことはできない。増幅回数を示すCt値の問題も含め、この検査方法に頼ることは危険である。例えば​2007年1月22日付けニューヨーク・タイムズ紙​に掲載された記事でもこの問題が取り上げられている。