なんとなくもう少し調べてみた
何回も周回してポルックス部屋11F、18F、38Fで高台の茶箱確認
この時点でセーブしてコロンを購入→再度周回しポルックス部屋31Fで高台に茶箱確認、コロンは関係なしの可能性大

ロードして封印扉の鍵を2つ集めて使用、奥を調べて封印解除
ポルックス部屋（6F）で高台の箱が鍵付きに変化
封印扉の鍵のどちらかの入手、海賊船の侵入、鍵の合体、使用、封印解除のどれかで高台の宝箱が変化？