改造したシナリオのcities.rulesetの、[datafile]のdescription=を"シナリオ名 Cities data for Freeciv"にしたら、civ2civ3ルールセットのcities.rulesetの追加専門家を削除しても動くようになった。
どうやらデフォルトのデータの方を読みに行ってたらしい。