それでは、各論点について考えていきたいと思います。
一個ずつコメントしたほうが、議論がぼやけてしまわないでしょう。。

まず、ひとつめ。

プログラムは特許？著作権？ | よくある質問 | 牛田特許商標事務所/東京都板橋区
http://www.ryupat.com/qanda/etc/program/
> プログラムは、特許でも著作権でも保護することができます

それについては、全く異論ありません。だから、そうお話ししました。
ソフトウェア・プログラムを特許で保護した方の事例をあげてください。
なにか身近な事例がありますか？