シェルスクリプトに組み込む場合、無条件にyしかないし。
シェルスクリプトから apt を呼び出したら、apt はインタラクティブなコマンドなので、ウンタラとメッセージが出てきた記憶があります。
シェルスクリプトからは apt でなくて apt-get を使えと出ていたような気がします。